Page 6

DTUavisen0115

Forskerne Bent Petersen og Simon Rasmussen ved DTU’s nye supercomputer. Researchers Bent Petersen and Simon Rasmussen by DTU’s new supercomputer. Supercomputer combating viruses and bacteria DATA FLOW Illness and disease know no national borders, and infections such as Ebola, SARS and bird flu can spread all over the world at lightning speed—potentially causing many deaths. Genome sequencing of microorganisms combined with the fast and free exchange of data can reduce reaction speeds significantly. “The Russian Emperor and his allies lost the Battle of Austerlitz because they lacked accurate information about the strength of Napoleon’s forces and their positions.” So says Professor Frank Møller Aarestrup from DTU Food to begin his explanation of one of the great projects in which DTU’s new computer will provide invaluable assistance. Af Marianne Vang Ryde Sygdom kender ingen grænser, og infektioner som ebola, SARS og fugleinfluenza kan på kort tid spredes globalt og føre til mange dødsfald. Genomsekventering af mikroorganismerne kombineret med fri og hurtig udveksling af data vil kunne nedsætte reaktionstiden betydeligt. Det har et pilotprojekt i det DTU-baserede Center for Genomic Epidemiology bevist, og centeret er nu involveret i et større EU-projekt, hvor den nye supercomputer på Risø Campus kommer til at spille en vigtig rolle. „Den russiske kejser og hans allierede tabte slaget ved Austerlitz, fordi de ikke vidste nok om, hvor stærk Napoleons hær var, og hvor den befandt sig.“ Sådan begynder professor Frank Møller Aarestrup fra DTU Fødevareinstituttet sin fortælling om et af de store projekter, DTU’s nye supercomputer vil komme til at spille en væsentlig rolle for. Som de tabende ved Austerlitz kæmper vi mennesker en evig krig mod sygdomsbakterier og virus, som typisk opstår steder i verden, hvor der ikke er mulighed for hurtigt at identificere dem og træffe de rette forholdsregler. „Der kan gå halve og hele år med at få data om patogenerne fra hospitaler i ulande gennem forskellige institutioner frem til forskere, som kan analysere dem. Og imens spreder sygdommene sig. Hvis vi kunne sætte svartiden ned til for eksempel 48 timer, ville vi øge vores chancer for at stoppe dem betydeligt,“ siger Frank Aarestrup. „Med de nye teknologiske muligheder for at beskrive mikroorganismernes fulde DNA har vi fået et meget effektivt våben. Selv mindre laboratorier vil snart kunne håndtere en sådan totalsekventering, og resultaterne kan via internettet overføres direkte til bioinformatikere, som kan analysere de enorme mængder data.“ Øvelsen går altså ud på at koble læger og laboranter i sygdommens frontlinje med bioinformatikere, som kan fortælle, hvilken sygdom, der er tale om, og hvordan den bekæmpes. ’Google Microorganisms’ I Center for Genomic Epidemiology, der er støttet af Det Strategiske Forskningsråd, har Frank Aarestrup i samarbejde med blandt andre professor Ole Lund fra DTU Systembiologi udviklet de nødvendige bioinformatiske værktøjer og vist, at man kan identificere sygdomme på 48 timer. Frank Aarestrup anslår, at en global sygdomsovervågning vil betyde omkring en milliard sekventeringer om året, og det kræver selvfølgelig rigtig store computermiljøer i stil med den supercomputer, der sidst i november 2014 blev indviet på DTU. Kombineret med forskningen i Center for Genomic Epidemiology har den gjort DTU til en central spiller inden for området global sygdomsovervågning, og erfaringerne skal nu føres videre i et stort EU-projekt, COMPARE, til 156 mio. kr. under Horizon 2020-programmet. „Som universitet er vi uafhængige af kommercielle interesser, vi er gode til at beskytte data og håndtere forskellige niveauer af åbenhed, og Danmark har et godt renommé. Med den nye computerkraft og vores hurtige dataprogrammer står vi virkelig stærkt i udviklingen af et system til global sygdomsovervågning. En slags Google Microorganisms – det er den tankegang, vi er ude efter,“ siger Frank Aarestrup. Min mening / My opinion DTU’s forskning skal gøre nytte SAMARBEJDE DTU’s langsigtede forskning er nødvendig for at løfte store samfundsudfordringer. Af Tine Rask Licht, professor, DTU Fødevareinstituttet I Danmark er vi rigtig gode til at lave forskning målt i videnskabelige publikationer og citationer. Til gengæld er vi mindre gode til at omsætte forskningen til handling og samfundsnytte. Men hvorfor er det så svært? Forskellen på fri og strategisk forskning er, at den frie forskning kan ske inden for alle tænkelige emner, som forskerne selv vælger, mens den strategiske imaginable—the only limit being the researchers’ imagination—while strategic research is linked to politically prioritized areas. However, we have a tendency to equate ‘free’ research with ‘basic research’. FOTO DTU forskning knyttes til politisk prioriterede områder. Vi er imidlertid tilbøjelige til at sætte lighedstegn mellem ’fri’ forskning og grundforskning, og mellem ’strategisk’ forskning og anvendt forskning, men det skaber en falsk modsætning. Grundforskning såvel som fri forskning kan ofte i allerhøjeste grad anvendes – dette er set mange gange i historien. Når forskningen skal bruges til noget, er det en god idé at inkludere aftagerne af forskningen i arbejdet. Derfor er kravet om samarbejde med erhvervslivet da også indlagt som incitament i mange af de puljer, hvor DTU-forskere kan søge om forskningsmidler. Forventningsafstemningen mellem forskere og virksomheder eller myndigheder kan imidlertid være svær, da vi ofte har forskellige og sommetider endda modstridende motivationer. AA Grundforskning såvel som fri forskning kan ofte i allerhøjeste grad anvendes – dette er set mange gange i historien. Som universitetsforskere vil vi gerne lave projekter med tydelige videnskabelige udfordringer, der er meriterende at løse, og som kan danne grundlag for eksempelvis et ph.d.-forløb. Virksomheder og myndigheder ønsker typisk hurtigere problemløsning og sikkerhed for et brugbart slutresultat. Projekter, der er blevet til som et kompromis mellem forskere og aftagere, kan være svære at finde finansiering til, da de forskellige forskningsfonde typisk prioriterer enten på forskningshøjden eller på anvendelsen, og den slags projekter netop ikke er topscorere på en enkelt af disse parametre, fordi de ligger midt imellem. Politikere og især små virksomheder spiller på en væsentlig kortere bane end universitetsforskere, og kan have svært ved at se pointen med langsigtede forskningsprojekter, der ikke med sikkerhed fører til samfundsnytte. Men det er helt afgørende, at der er en vis risikovilje i vores måde at drive forskning på, da vi ellers risikerer at tabe vigtige videnskabelige landvindinger. Derfor må vi som DTU-forskere deltage i debatten og hjælpe politikere, erhvervsliv og myndigheder til at finde løsninger på disse udfordringer. DTU research must generate benefit PARTNERSHIP We in Denmark are skilled in performing research as measured by scientific publications and citations. In contrast, we are not particularly adept at turning research into action and benefit to society. So why is that so difficult? The difference between free and strategic research is that free research can be carried out on every subject Supercomputer i krig mod virus og bakterier DATAFLOW Med den nye supercomputer på Risø Campus kommer DTU i frontlinjen i kampen mod mikroorganismerne. ■■Få mere at vide Frank Møller Aarestrup, professor og forskningsleder, DTU Fødevareinstituttet, fmaa@food.dtu.dk Ole Lund, professor, DTU Systembiologi, lund@cbs.dtu.dk FOTO IBEN JULIE SCHMIDT 6  |  FORSKNING / RESEARCH  |    NR. 1·2015


DTUavisen0115
To see the actual publication please follow the link above