Page 12

139036_DTU-avisen_4_2013_final

12 På jagt efter delikatessernes Gærede fødevarer som rødvin og ost kan blive endnu lækrere takket været nye forskningsmetoder. For nu går forskerne videnskabeligt til værks i jagten på den gode smag. Fødevarer   Mange af de fødevarer, som vi sætter allermest pris Det er da heller ikke alt, som smager lige godt, bare fordi på, har udviklet sig til delikatesser mere eller mindre på grund man gærer (fermenterer) det. Meget afhænger af, om den friske af tilfældigheder. Ofte er det slet ikke smagen, der har været i vare egner sig til fermentering, men derudover spiller de fokus, da man fik ideen til en ny type fødevare. mikroorganismer, som bruges til fermenteringen, også en F.eks. er de fleste røgede, gærede og saltede delikatesser, meget væsentlig rolle. som har eksisteret i mange hundrede år, blevet til, fordi man „Det er mikroorganismerne, der nedbryder organisk materiale ønskede at forbedre holdbarheden. At de så også smagte fremragende, og danner nye stoffer. Derfor er kvaliteten og smagen var lidt af et lykketræf. af det færdige produkt i høj grad afhængig af de mikroorganismer, Særligt for de gærede fødevarer kan det nærmest betegnes der har medvirket til fermenteringen,“ siger som ’uventet held’. Når man bevidst vælger ikke at tørre fødevarer projektleder og professor i metagenomics Thomas Sicheritz- og i stedet lader dem gå i en slags kontrolleret fordærv, Ponten fra DTU Systembiologi. så ligger det ikke nødvendigvis lige for, at de også kommer til Princippet kender de fleste fra forholdet mellem en god surdej at smage fantastisk. og et godt rugbrød. Tilsætning af de rigtige mikroorga- Fødevarer   En dejlig, frisk salat bliver sat på middagsbordet. Løgene kommer fra Danmark, Foto Shuterstock Nyt register over skurkene i salaten fetaosten fra Grækenland, agurkerne og tomaterne fra Spanien. Der er oliven fra Israel, olie fra Italien, croutoner fra USA og en håndfuld kikærter fra Etiopien. Men middagsgæsterne bliver syge af at spise salaten, og nu skal årsagen findes. I dag er det imidlertid en udfordrende opgave at finde ud af, hvor bakterier eller virus i en salat stammer fra. Først skal man identificere den inficerede ingrediens, dernæst finde ud af, hvor den kommer fra. Og så skal man finde frem til, hvordan man bedst behandler infektionen. Alt dette kan blive meget nemmere, hvis projektet Global Microbial Identifier bliver til virkelighed. Professor Frank Møller Aarestrup og institutdirektør Jørgen Schlundt fra DTU Fødevareinstituttet har taget initiativ til, at der skabes en global database over mikroorganismer. Eksemplet med salaten kan nemlig sammenlignes med at finde en gerningsmand til en forbrydelse. I dag bruger man dna-undersøgelser til at bekræfte gerningsmandens identitet. Det samme kan lade sig gøre, når man taler om mikroorganismer. Men her er det en global opgave at finde gerningsmanden, da råvarerne til salaten kommer fra flere forskellige lande og i øvrigt kan forårsage infektioner i flere lande. Læg dertil, at mikroorganismer udvikler sig hurtigt og ofte bliver resistente over for antibiotika. Derfor kan det være meget svært for den enkelte læge at finde en behandling, hvis mennesker er inficeret med en ny bakterie eller virusstamme. Det anslås, at omkring 22 procent af alle dødsfald skyldes en infektionssygdom, og det tal kunne blive betragteligt mindre, hvis man hurtigt kunne identificere stammen. Global database Forskere fra hele verden er derfor blevet enige om at arbejde for en global database, der indeholder hele dna-strenge fra alle kendte mikroorganismer. I dag har man den slags databaser i mindre målestok, men de indeholder kun dele af dna-strengen. Ved at sekventere hele strengen kan man få såkaldte genomsekvensdata fra alle mikroorganismer – herunder dem, der gør os syge. Og med den database i ryggen vil jagten på bakterien i en inficeret ingrediens fra salatskålen kunne indledes og afsluttes inden for et døgn. Samtidig kan man hurtigt se, om infektioner i Danmark og andre lande er forbundne, fortæller institutdirektør Jørgen Schlundt. „Det er potentielt den største ændring inden for mikrobiologien siden Pasteur,“ siger han med henvisning til franskmanden Louis Pasteur, der i slutningen af det 19. århundrede var en af hovedmændene bag mikrobiologien. „I dag kan man sekventere hele genomet for en mikroorganisme, og prisen for at gøre det er hastigt dalende. Ideen er, at vi tager alle de sekventerede mikroorganismer og lægger dem op i databasen. Og så kan man lokalisere alle mikroorganismer ved at sende et prøveresultat ind i databasen. Ud over at fortælle præcis hvilken mikroorganisme, der er tale om, vil databasen også kunne fortælle, hvordan man kan behandle for den, og hvad den er resistent over for, hvis det nu er en bakterie eller en virus,“ siger Jørgen Schlundt. Med databasen bliver det desuden muligt at følge, hvordan mikroorganismer og infektioner spreder sig. Da der løbende vil komme nye testresultater ind i databasen, kan man detaljeret følge eksempelvis et udbrud af fugleinfluenza eller en hel epidemi. Et kæmpe skridt fremad Den globale database over mikroorganismer vil på denne måde blive det første kombinerede genom- og it-projekt, der kan få direkte effekt på alle menneskers sundhed. Ligeså vil databasen få enorm betydning for sundheden hos dyr – og for forskningen inden for mange grene af biologien. Men Jørgen Schlundt understreger, at den mest direkte sundhedsfremmende effekt af databasen nok vil kunne ses i udviklingslande: „Hvis man står i et fattigt land, der endnu ikke har opbygget laboratorier til at undersøge stafylokokker, salmonella eller norovirus, så tager de her processer meget lang tid. Men med denne idé kan de hoppe direkte ind i fremtiden. Man behøver ikke længere at have laboratorier og eksperter for hver mikroorganisme, fordi teknikkerne smelter sammen, og alle bruger den samme database,“ siger han. Projektet er stadig i sine indledende stadier - det femte møde i gruppen blev afholdt på DTU i februar. Men Jørgen Schlundt fortæller, at man allerede nu tester, om de enkelte landes laboratorier når til de samme resultater, og at man arbejder på at få forskellige lande til at bruge de samme databaser. I USA er der derudover afsat penge til flere projekter, som blandt andet omfatter fuld dna-sekventering af 100.000 stammer af bakterier. Og sideløbende er DTU Fødevareinstituttet og DTU Systembiologi ved at afklare, hvordan en global database kan opbygges rent teknisk. På grund af de mange projekter og samarbejdet mellem forskningsgrupper håber Jørgen Schlundt på, at man inden for en årrække står med en stadigt voksende global database, der kan spore mikroorganismer overalt. „Det er meget vigtigt, at vi begynder at arbejde sammen nu. Man er allerede i gang med at udvikle databaser over bestemte mikroorganismer, men for mig er det afgørende, at vi får skabt ét globalt system, så vi ikke ender med en hel masse systemer, som ikke kan arbejde sammen. Hvis det lykkedes, så kan vi om ti år bestemme, hvilken bakterie eller virus, der forårsager sygdommen hos en patient, og foreslå den optimale behandling – vel at mærke overalt i verden og på én dag.“ - Tore Vind Jensen. Få mere at vide Jørgen Schlundt Institutdirektør, DTU Fødevareinstituttet jord@food.dtu.dk Læs mere på Global Microbial Identifiers website: www.globalmicrobialidentifier.org På initiativ af DTU Fødevareinstituttet er forskere verden over gået sammen om at skabe en global database over mikroorganismer. Databasen vil kunne få direkte betydning for menneskers sundhed.


139036_DTU-avisen_4_2013_final
To see the actual publication please follow the link above