06 SUPERCOMPUTER GENSEKVENTERING nogle få måneder, og spørgsmålet, der melder sig, er: Hvor kommer smitten fra? Mens udbruddet står på, sidder Emma Hagberg i diagnostikafdelingen hos Kopenhagen Fur og arbejder på et erhvervs-ph.d-projekt om, hvorvidt man kan bruge såkaldt fuldgenomsekventering til at spore, hvor smitten stammer fra. ”Metoden bruges allerede i f.eks. fødevarekontrollen, hvor bakterie- eller virusinfektioner spores tilbage til smittekilden ved hjælp af genanalyser. Men jeg er en af de første, der prøver det med plasmacytose. Det, jeg har gjort, er at ekstrahere DNA fra prøver fra inficerede dyr, og derefter har jeg foretaget en fuldgenomsekventering. Dvs. at jeg får hele DNA-sekvensen for den specifikke virus, som har inficeret dyret,” fortæller Emma Hagberg. Stamtræer for virus Næste skridt er at sammenligne de forskellige sekvenser for at kortlægge slægtskabet mellem virus fra de mange prøver. Det gøres ved at opstille en slags stamtræ – et fylogenetisk træ. Projektet baserer sig på forskning i bioinformatik ved DTU. Metoden kan bruges til smittesporing, fordi virus ”Der er stadig mange ting, vi ikke ved, om hvordan smitte kan spredes, og det vil min metode forhåbentlig kunne kaste nyt lys over.” EMMA HAGBERG , E R H VERVS - P H . D . , KOPENHAG E N F U R muterer over tid. Når man kender specifikke virus i en population, kan man lave modeller for, hvor meget virus muterer inden for en vis periode, og bruge dette som parameter i sin dataanalyse. ”Man lægger sine DNA-sekvenser og de tilhørende data om, hvor prøven er taget osv., ind i en model. Så fortæller man modellen, hvilken type virus der er tale om, og hvor ofte den type virus muterer. Herefter beder man modellen om at regne ud, hvor langt man skal tilbage i tiden for at finde en fælles stamfader. Hvis denne ligger f.eks. ti år tilbage, kan man konkludere, at det Emma Hagbergs forskning skal være med til at sikre, at danske minkskind bevarer sin høje kvalitet.
DYNAMO_46
To see the actual publication please follow the link above