08 SUPERCOMPUTER GENSEKVENTERING DYNAMO 46 09 16 ”Projektet med Kopenhagen Fur er et eksempel på, hvordan offentlig forskning og erhvervsmæssige interesser sammen kan løse nogle af fremtidens udfordringer ved brug af de nye supercomputing-faciliteter.” ”Det ideelle for os vil være, at modeller som dem, Emma Hagberg har brugt, bliver standardiseret og gjort tilgængelige på Computerome på en måde, så vi blot skal uploade vores sekvenser, og ud kommer de svar, vi har brug for. Så vil vi nemlig få glæde af de nye teknologier uden at skulle have en supercomputer i kælderen eller bioinformatikeksperter ansat i en forholdsvis lille forsknings- og diagnostikafdeling.” Og det er faktisk ikke en umulig tanke, hvis man spørger leder af Computerome Peter Løngreen. ”Vi udvikler hele tiden Computerome sammen med brugerne og forsøger at være et par skridt foran i forhold til at forudse fremtidige behov. Projektet med Kopenhagen Fur er et eksempel på, hvordan offentlig forskning og erhvervsmæssige interesser sammen kan løse nogle af fremtidens udfordringer ved brug af de nye supercomputing-faciliteter. Computerome er skræddersyet til at håndtere life science-data. Det betyder, at denne supercomputer er designet ikke bare til store datamængder og avancerede beregninger, men også til at håndtere meget høje krav til datasikkerhed. Takket være vores cloudløsning kan vi tilbyde forskningsinstitutioner og virksomheder et niveau af sikkerhed og stabilitet i drift, som man ellers kun kender fra interne systemer. Mange virksomheder anvender da også allerede Computerome, og vi kommer til at se mange flere af denne type samarbejder i fremtiden.” Emma Hagberg, erhvervs-ph.d., Kopenhagen Fur, eha@kopenhagenfur.com Peter Løngreen, leder af det nationale HPC-anlæg Computerome, peterl@cbs.dtu.dk Se film om Emma Hagbergs projekt her: kortlink.dk/n363 og samtidig fik hun hjælp af Computeromes eksperter. Og vigtigst af alt kunne analyserne nu pludselig gennemføres inden for en realistisk tidsramme. ”Jeg kan jo ikke vente i årevis på, at resultaterne bliver til et produkt, jeg kan tilbyde de danske avlere. Derfor har det været helt afgørende, at vi har haft adgang til Computerome, for ellers kunne Emma Hagberg have siddet og regnet, til hun var 80 år,” forklarer Leif Bruun og fortsætter: Størstedelen af de danske minkskind går til eksport. Det er især Kina, der aftager skindene. Computerome DeIC Nationale LifeScience Supercomputer er etableret af DTU i samarbejde med Danish e-Infrastructure Cooporation og Københavns Universitet. Den er Danmarks hidtil største supercomputer med en kapacitet som ca. 8.000 forbundne pc’er. Computerome er nummer 161 på listen over verdens største computersystemer (sommeren 2015). • Størrelse: 16.200 CPU-kerner. • Hukommelse: 96TB DDR4 ram. • Lager: 4 petabyte = 4.000.000 gigabyte storage. • Backup: 1,5 petabyte – en pc kan typisk lagre 250-500 gigabyte. • Regnekraft: 410,8 teraflops (flops = floating point operations per second). • Båndbredde: Den kan overføre 75 gigabyte pr. sekund mellem serverlagrene. Den kan f.eks. analysere 41 genomer på 1,6 sekunder. • Sikkerhed: Alle data opbevares i en sky, som hver enkelt dataejer har eneret over. Systemet opfylder USA’s strenge sikkerhedskrav. • Pålidelighed: Der er redundans i alle kritiske systemer, så brugerne er garanteret oppetid døgnet rundt. • Efterspørgsel: P.t. er der 800 brugere og 20.000 jobs i kø. Læs om mulighederne for at lave pilotprojekter på Computerome på l.dtu.dk/oh8w PETE R LØNGRE E N , DTU
DYNAMO_46
To see the actual publication please follow the link above