Page 6

Dynamo_43

06 GLOBAL OVERVÅGNING GENSEKVENTERING BAG OM FORSKNINGSPROJEKTET “Man kan sagtens tage de her prøver fra flyene, rense det op og hive en masse små stykker DNA ud af det og sekventere det. Men derefter bliver opgaven jo at gå tilbage og finde ud af, præcis hvilken organisme det DNA kommer fra,” forklarer han. Til det formål lavede forskerne programmet MGmapper, som benytter flere forskellige bakterie-sekvensdatabaser, men også databaser over virus, plasmider, pattedyr, hvirveldyr og hvirvelløse dyr – omkring 20 sekvensdatabaser i alt. DNA-sekventering giver millioner af korte stykker DNA, som kan stamme fra mange hundrede forskellige organismer. Opgaven er derfor at samle disse korte stykker DNA korrekt, således at man ender med lange fragmenter, der repræsentere delvise eller fulde DNA-sekvenser af de organismer, som er til stede i prøven. Nogle organismer er meget ens, når man sammenligner deres fuldlængde-DNA, og det skaber nogle udfordringer, idet man skal identificere en organisme ud fra de korte stykker DNA fra DNA-sekventeringen. Man skal derfor være varsom med at identificere en organisme ud fra disse korte stykker DNA. Optimalt har man mange og helst også specifikke ”Opgaven er at finde ud af, præcis hvilken organisme DNA'et kommer fra.” stykker DNA, som understøtter hver af de organismer, man identificerer, forklarer Thomas Nordahl Petersen: “Hvis man ved hjælp af MGmapper søger med et lille stykke DNA, kan man sagtens finde noget, der matcher. Men vi er nødt til at være endog meget kritiske med, hvilke kriterier sekvenserne skal leve op til, så vi ikke risikerer at finde falske positiver,” siger han og fortæller, at man flere gange har blæst alarm på baggrund af falske positiver. Tidligere på året fandt amerikanske forskere for eksempel miltbrand og pest i New Yorks undergrundsbane – indtil de måtte indse, at det var det ikke alligevel. Den slags fejltagelser er der ikke plads til i et globalt sygdomsovervågningssystem. Og her er fordelen ved MGmapper, at den samler alle kendte sekvenser, så man kan være sikker på, at det vitterlig er tyfus og ikke et stykke DNA fra en harmløs organisme, man har fundet. Forskerne føler sig altså meget sikre, når de nu fortæller, at det kan lade sig gøre at overvåge bakteriers og resistensgeners færden overalt på kloden. Og så skulle man tro, at det ligger lige for at udbrede systemet. Der er dog en række praktiske udfordringer at løse, efter at de forskningsmæssige er afklaret, erkender Frank Aarestrup: “Det kan være, at nogle selskaber ikke vil tillade, at vi tager prøver fra deres tanke, fordi det kan have konsekvenser for hjemlandets turisme. Det kan være, at vi ikke kan blive enige om, hvem der skal betale. Endelig kan det THOMAS NORDA H L P E TERS E N , LEKTO R , D T U SYS TE M B I O LO G I være rigtig svært at få folk til at deles om data, sådan som man vil skulle her,” siger han og fortsætter: “Så vi skal have fundet et sted, hvor vi kan bevise, at det har en effekt. Et sted, hvor vi er i stand til at fange en sygdom før nogen andre og redde nogle tusind menneskeliv. Det er det, der er vores opgave lige nu.” Professor Frank Møller Aarestrup, DTU Fødevareinstituttet, fmaa@food.dtu.dk Lektor Thomas Nordahl Petersen, DTU Systembiologi, tnp@cbs.dtu.dk


Dynamo_43
To see the actual publication please follow the link above