DYNAMO 46 09 16 DTU 07 nok ikke er A, der har smittet B, men derimod en slægtning, der ligger tættere på,” forklarer Emma Hagberg. Genomanalyse bliver rutine ”Jeg har nu lavet et proof of concept studie, som viser, at fuldgenomanalyse kan bruges til at spore smittespredning af plasmacytose, og at det giver vigtig ny viden,” forklarer Emma Hagberg og fortsætter: ”Jeg undersøgte f.eks. et tilfælde, hvor to naboer, B og C, pludselig fik plasmacytose. De mente begge, at smitten kom fra en tredje nabo, A, men det afviste A. Min analyse viste, at minkfarm A havde en ældre version af den virus, som både B og C var blevet smittet med. Det tyder på, at smitten højst sandsynligt kom fra A. Med de metoder, som anvendes i dag, kan man ikke se dette. Og faktisk er der stadig mange ting, vi ikke ved, om hvordan smitte kan spredes, og det vil min metode forhåbentlig kunne kaste nyt lys over.” Hos Kopenhagen Fur er der tilfredshed med resultaterne: ”Katastrofen i Holstebro har betydet, at Emma Hagbergs ph.d.-projekt har fået meget stor politisk opmærksomhed. Alle er pludselig blevet klar over, at hvis vi skal løse disse problemer, er vi nødt til at kvalificere analysearbejdet yderligere – f.eks. ved at gå fra overfladisk typebestemmelse til fuldgenomanalyse. Der har ikke været nogen tradition i plasmacytosebekæmpelsen for at bruge molekylærbiologiske teknologier på rutinebasis. Men takket være Emma Hagbergs resultater er ambitionsniveauet nu, at vi skal kunne bruge det som et afgørende Plasmacytose Plasmacytose – også kaldet Aleutian Mink Disease – skyldes infektion med en parvovirus. Mink er den dyreart, der er mest modtagelig for sygdommen. Sygdommen har dødelig udgang for smittede mink. Det er ikke muligt at vaccinere eller behandle sygdommen medicinsk. Sygdommen spredes mellem burene enten direkte eller via redskaber eller personale. Den spredes også mellem farme ved handel med dyr eller via maskiner, fugle eller besøgende på farmen. I Danmark bekæmpes sygdommen ved at undersøge blodprøver fra mink. De inficerede og smittefarlige dyr fjernes fra farmen og pelses. Alternativt saneres farmen med udskiftning af alle avlsdyr, og der indsættes nye avlsdyr efter grundig rensning og desinfektion af hele farmanlægget. KILDE: DTU VETERINÆRINSTITUTTET værktøj i smittesporing,” siger Leif Bruun. Supercomputer redder projektet Prisen for at sekventere falder konstant, så den største udfordring ved at anvende fuldgenomsekventering er de enorme datamængder, som skal analyseres. De nye teknologier (next generation sequencing) genererer en masse små stumper DNA-sekvens (sequence reads), som skal samles til hele genomer, og herefter skal den fylogenetiske model analysere flere hundrede genomer ad gangen. Det betyder, at en almindelig computer bliver lagt fuldstændig ned. Men Emma Hagberg blev tilbudt at være pilotprojekt på en nyetableret national supercomputer, Computerome. Computeren befinder sig fysisk på DTU Risø Campus, men takket være en avanceret cloudløsning kan den tilgås fra f.eks. en bærbar computer. Som pilotprojekt fik Emma finansieret sin computerregnetid af DeIC (Danish e-Infrastructure Cooperation),
DYNAMO_46
To see the actual publication please follow the link above